Issu d'une famille modeste de fonctionnaires et de militaires, il entre à l'école navale en 1840. Il y est moyennement classé (entre 10 et 22e) et noté comme s'occupant de "lectures défendues". Ces premières notes oscillent entre des satisfecits "Apprend tout avec grande facilité, officier hors ligne comme intelligence et instruction" et des avertissements sur son caractère "se pliant de mauvaise grace à la subordination". Sa carrière est tout d'abord essentiellement coloniale, puisqu'il va passer huit ans en Chine, cinq ans dans les mers du sud et neuf ans au large des côtes d'Afrique et au Sénégal.
Enseigne de vaisseau en 1846. Il se distingue le 21/12/1848 au large des côtes de Provence où, officier de quart il se jette à l'eau malgré la température glaciale pour sauver un matelot tombé à l'eau. En 1850, il sauve un enfant de la noyade dans le port d'Alger.
Lieutenant de vaisseau en 1853. En 1859, il est au Sénégal et reçoit la LH pour "avoir parfaitement conduit la troupe et lui avoir donné l'exemple d'une grande bravoure". En 1861, il commande l'aviso Etoile et en escale à Lisbonne, il intervient avec vigueur et décision pour mettre à l'abri des navires de commerce français menacés par un bateau américain en feu et à la dérive. Il épouse la nièce de Faidherbe, gouverneur du Sénégal. Capitaine de Frégate commandant le Podor.
Capitaine de frégate en 1862.
Capitaine de vaiseaux en juillet 1870, il participe à la guerre franco allemande sur terre, en organisant la défense de Carentan, puis comme général auxiliaire dans les armées de l'Est et de la Loire. En 1871 il est sanctionné pour avoir fait paraitre sans autorisation dans la Revue des deux Mondes un article sur le 20e corps d'armée de la Loire.
En 1877 il commande le Seignelay, dans le Pacifique. En escale aux Samoas, il intervient à la demande du Consul américain pour faire arreter des bandits et prend d'assaut une maison avec 40 hommes, qui se révèle appartenir à un cotoyen britannique. Il est démis de son commandement et renvoyé en France. Il est gouverneur de la Martinique de 1877 à 1879.
A la tête du cuirasse Savoie, il participe pour la première fois à des manoeuvres d'escadre et s'y distingue. Il est nommé Contre Amiral en 1880. En 1882, il publie un ouvrage "la guerre maritime et les ports militaires de la France" qui va théoriser la doctrine de la "Jeune Ecole". Il y developpe l'importance de la guerre economique et la suprematie de la guerre de course, donc des petits vaisseaux (torpilleurs), contre la guerre d'escadre, donc les cuirassés. Cette théorie a un grand retentissement, en dehors de la marine et Aube devient vite le porte etendard du modernisme. En 1883, il est placé à la tête d'une division de l'escadre d'évolution.
Vice Amiral en mars 1886, il est nommé ministre de la Marine en janvier et met en application ses théories : il raye de la liste navale de nombreux batiments périmés, ralentit la construction des cuirassés, lance une importante commande de petits torpilleurs (35 metres) et met en chantier le Gymnote, premier bateau sous marin français. Néanmoins ce programme est un echec (les torpilleurs s'avèrent très mal tenir la mer) et très contesté, Aube est remplacé au ministere.
Décédé en 1890. .
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